あるウエブページより

靖国神社はれっきとした宗教法人です。
​http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%9D%96%E5%9B%BD%E7%A5%9E%E7%A4%BE​

なぜ問題か？
(1)憲法違反だから（政教分離に反するから）

次にですが、確かに中国や韓国が激しく抗議しているから問題が大きくなったことはあると思います。ではなぜ中国や韓国が抗議するのか？それは、国内的な憲 法の問題ではなく、靖国にA級戦犯が祭られているからです。つまり外交問題です。（ならB,Cはどうなのか？ということを取り上げる向きもあるようです が、それは屁理屈というものだと思います）
​http://www.people.ne.jp/2006/08/15/jp20060815_62256.html​

なぜ問題か？
(2)A級戦犯が祭られているから

日本では亡くなったら皆神様だ、という考えも確かにあるのでしょうが、それはあくまでも日本の考えであって、外国人、特に直接戦争の被害を受けたアジアの 人々には通用しないでしょう。内政干渉というのは内政問題に対する干渉であって、東条さんなどが祭られている時点で既に外交問題となってしまっています （だから内政干渉とはねつけるのは無理がある）。

なら、仮に靖国を非宗教団体化して、A級戦犯を分祀すればよいかというと、まだ問題が残ります。ソースは忘れましたが韓国のどこかで「A級戦犯を分祀して も靖国自体が「遊就館」などに見られるように、先の戦争を美化しているので公式参拝は受け入れられない」という表明が最近ありました。私は、遊就館の展示 物などを調べてみると、その主張ももっともに思えます。先の大戦で戦って亡くなられた方々を弔い感謝するのに、なぜ武器の展示などが必要なのでしょうか？ こういうのを見ると（例えその気が無くても）靖国自体が戦争を美化していると捉えられてもおかしくはありません。少なくとも靖国に戦争の被害を受けた他国の人々への思いやりが欠けていることは、ＨＰの概要に「外国との戦争で日本の国を守るために、斃れた人達を祀ることになった神社である。」と書かれていることからも見て取れます。

遊就館へのリンク
​http://www.yasukuni.jp/~yusyukan/index.html​
武器の展示など
​http://homepage3.nifty.com/tompei/Yuusyuukan.htm​

なぜ問題か？
(3)靖国神社が戦争を美化している（ように見える）から

以上３つ問題点を挙げましたが、(3)はともかく、(1)(2)は問題ありだと思います。
決して戦って亡くなった人々に感謝しないわけではありません。全然別問題です。